人权
恐怖主义不仅对国际和平与安全、而且对人权的享受以及社会和经济发展构成严重威胁。会员国必须采取步骤，有效打击和预防恐怖主义，这是国际人权法规定的保护生命权和人身安全权义务的一部分。
安全理事会自通过第1456(2003)号决议以来，一贯反复申明，各国必须确保为打击恐怖主义而采取的任何措施符合其根据国际法，特别是国际人权法、国际难民法和国际人道法承担的所有义务。最近，安理会强调，有效的反恐措施与尊重人权、基本自由和法治是相辅相成的，是成功反恐努力的重要部分。安理会在第2178(2014)号决议中指出，不遵守这些和其他国际义务，包括《联合国宪章》规定的义务，会滋生有罪不罚意识，是加剧激进化的原因之一。
2004年，随着反恐执行局的成立，反恐委员会开始朝着更加积极主动的人权政策迈进。反恐执行局被授权与联合国人权事务高级专员办事处(人权高专办)和其他人权组织就反恐事项进行联络(S/2004/124)，并为员工队伍任命人权专家。反恐委员会在作为全面审查反恐执行局工作的一部分提交安全理事会的报告中一贯指出，反恐执行局应考虑到相关的人权义务(S/2005/800和S/2006/989)。2006年5月，反恐委员会通过了反恐执行局的人权政策指导。如今，反恐委员会和反恐执行局在所有活动中，包括国家访问、专题会议、技术援助建议以及与会员国的其他互动中，都会例行考虑到相关的人权和法治问题。
安全理事会第1624(2005)号决议涉及煽动实施恐怖行为的问题，强调各国必须确保为执行该决议而采取的任何措施符合其根据国际法、包括国际人权法承担的所有义务。该决议的序言部分除其他外，强调了表达自由权与反煽动措施的相关性。
安理会在延长反恐执行局任务期限的第2617(2021)号决议中提醒各国，防止和打击恐怖主义及助长恐怖主义的暴力极端主义的有效措施与尊重人权相辅相成、相互促进，并对取得成功至关重要。安理会指出尊重法治对有效打击恐怖主义的重要性；欢迎相关民间社会、学术界、智库和私营部门，特别是以妇女、青年和地方为重点的行为体在这方面的作用；鼓励反恐执行局进一步开展活动，以确保与执行第1373(2001)、1624(2005)、2178(2014)号决议和其他相关决议有关的所有人权和法治问题作为反恐执行局的国家访问、评估、分析新出现的问题、趋势和动态及促进技术援助工作的重要组成部分得到解决。
反恐执行局在其关于会员国执行安理会第1373(2001)号和第1624(2005)号决议情况的全球调查中，提请注意与执行这些决议有关的一系列人权问题。这些问题包括，例如，国家对恐怖主义行为的定义模糊或过于宽泛；对针对恐怖主义嫌疑人的正当程序和公平待遇的国际标准的遵守；打击资助恐怖主义行为的措施对结社、良心和信仰自由权利的影响；反煽动措施中对表达自由权的尊重；尊重民间社会的个人权利，防止滥用反恐措施；防止歧视；需要建立独立的监督机制；难民权利。
反恐委员会自成立以来，定期听取人权事务高级专员和人权高专办其他高级官员以及特别报告员关于在打击恐怖主义的同时促进和保护人权的介绍。反恐执行局定期与人权高专办联络，包括作为《联合国全球反恐协调契约》反恐时促进和保护人权与法治及支持恐怖主义受害者问题工作组的成员。